ざっくり見た感じだと、

・どうもローカルだとデフォルトでHTML中のactiveXオブジェクトが動かないっぽい

・自動で開くPopUpはブロックされるようになる。（ユーザーがクリックしたときは動く）=Google toolbarとかと同じ

・ブラウザのリサイズや位置のスクリプトによる変更に色々な制限があるみたい。フルスクリーンやタイトルバー・アドレスバー・ステータスバーを出さないキヨスクモードでのページをスクリプトでだすことはできないみたいなかんじ。

・プラグインのon/offをユーザーが簡単に切り替えられるようになる。（が、推測するにそれをスクリプトで検出する手段は提供されないであろう）

どうも、この文章の日本語が頭悪くていまいちわからないけど、大きな変化はこんなところかな。